Giáo hội Estonia đang chuẩn bị cử hành 100 năm thiết lập Toà Giám quản Tông toà. Vào ngày 1 tháng 11 năm 1924, Đức Giáo Hoàng Piô XI đã thiết lập Toà Giám quản Tông toà Estonia, tách lãnh thổ khỏi Tổng Giáo Phận Riga, ở nước láng giềng Latvia. Trước đó 6 năm, Estonia giành được độc lập từ Nga, và người Công giáo ở Estonia muốn có một Giáo hội địa phương cho riêng mình, mặc dù các tín hữu đã hiện diện ở vùng đất mà ngày nay là Estonia trong nhiều thế kỷ trước đó.

 

Tuy nhiên, vài thập kỷ thiếp theo, Giáo hội non trẻ phải trải qua nhiều khó khăn. Năm 1931, Đức Giáo Hoàng Piô XI giao quyền cai quản Tông tòa cho Tôi tớ Chúa Đức Cha Eduard Profittlich. Sau đó, vào năm 1940, quân đội Liên Xô xâm chiếm Estonia, trục xuất hàng chục ngàn người đến các trại cải tạo ở Sibêria. Chính Đức Tổng Giám Mục Profittlich bị chết trong trại cải tạo của Liên Xô. Cùng thời điểm này, khoảng 20% người Estonia bị trục xuất

Khi Liên Xô sụp đổ vào năm 1991, Giáo hội Công giáo đã được tái sinh ở Estonia, đưa đến một cuộc đổi mới Công giáo ở nước này.